Označení Factory už tradičně odlišuje prémiové verze sportovních motocyklů Aprilia. Od roku 2025 tak bude i model Aprilia RS 660 v nabídce také ve verzi Factory a standardně dostane nastavitelné odpružení Öhlins a speciální grafiku. I ostatní verze RS 660 ale dostaly řadu nových prvků, jako kapotáž s novými aerodynamickými prvky pro větší stabilitu nebo startovního asistenta. Díky výkonnějšímu motoru o výkonu 105 koní a hmotnosti pouhých 183 kg provozní váhy byl také dále optimalizován poměr výkonu a hmotnosti.